Музей - это визитная карточка университета, реальное воплощение его имиджа, ключевой элемент корпоративной культуры. Основные функции музея: имиджевая, образовательная, научно-инновационная, воспитательная.
Открытие музея состоялось 13 октября 2009 г., в день посещения КазНУ им.аль-Фараби Президентом РК Н.А. Назарбаевым.
Музей КазНУ им. аль-Фараби – современный центр научно-образовательный подготовки и духовно-нравственного воспитания молодежи, носитель его исторической памяти и культурных традиций.
Общая площадь музейного комплекса - 1000 кв.м. Он объединяет: Галерею истории, Зал Славы, Зал современности и перспектив развития университета.
В конце декабря 2000 года в Казахском национальном университете им. аль-Фараби состоялось открытие уникального и единственного на территории СНГ Музея палеолита Казахстана. Фонд музея состоит из каменных артефактов, которые были накоплены (около 600 тыс.) в разные годы учеными-археологами, такими как Х.А. Алпысбаев, А.Г. Медоев, Ж.К. Таймагамбетов, Б.Ж. Аубекеров, О.А. Артюхова, а также участниками совместной Казахстано-Российской комплексной археологической экспедиции Института археологии НАН РК и Института археологии и этнографии СО РАН (г. Новосибирск).
Биологический музей Университета им. аль-Фараби
Биологический музей КазНУ был основан в 1936 году, вначале как зоологический музей при кафедре зоологии биологического факультета, а затем в 1949 году он был реорганизован в биологический музей факультета. Современная жизнь биомузея началась с открытия в 1984 году демонстрационного зала и внешних диорам, в дни празднования 50-летнего юбилея университета. Биологический музей университета является уникальным в своем роде не только для Республики Казахстан, но и всего СНГ. Биологический музей является научно-исследовательским и научно-просветительским центром, оказывающим помощь в подготовке специалистов биологического профиля: PhD, магистрантов и бакалавров.
Музей древней и средневековой археологии был создан в 1983 году. Музей состоит из трех разделов, в которых выставлены археологические материалы эпохи бронзы, раннего железного века и средних веков, найденные в процессе археологических исследований преподавателями кафедры археологии и этнологии исторического факультета. Наиболее ценный и раритетный материал представлен в разделе средневековой истории и полностью относится к городищу Актобе, который датируется V-VІІ в.в. и является многослойным средневековым памятником.